Dalam rangka mencetak generasi muda yang memiliki jiwa kepemimpinan, SMP Kristen Tomohon menyelenggarakan pelatihan kepemimpinan bagi seluruh anggota OSIS. Pelatihan ini menyajikan materi yang sangat bervariasi, mulai dari etika kepemimpinan, komunikasi efektif, dinamika kelompok, motivasi, hingga materi yang bersifat teknis seperti public speaking, problem solving, dan keorganisasian. Selain itu, nilai-nilai Pancasila dan karakter Kristiani juga menjadi fokus utama dalam pelatihan ini. Diharapkan, melalui pelatihan ini, para siswa dapat mengasah potensi kepemimpinannya dan menjadi pemimpin yang berintegritas, serta mampu membawa organisasi OSIS ke arah yang lebih baik.
